工程质量保证金返还申请流程是：
1、建设单位向住建局质检部门提出申请；
2、物管办公室签署意见并盖章返还质监部门方可退还；
3、公告期内无问题的，由物管科签字报综合科复核无异议后盖章返还质监部门；
4、有问题的，由建设单位维修，维修合格经反映业主签字、物业盖章确认报物管科履行。法律依据：《建设工程质量保证金管理》第九条
缺陷责任期内，由承包人原因造成的缺陷，承包人应负责维修，并承担鉴定及维修费用。如承包人不维修也不承担费用，发包人可按合同约定从保证金或银行保函中扣除，费用超出保证金额的，发包人可按合同约定向承包人进行索赔。
承包人维修并承担相应费用后，不免除对工程的损失赔偿责任。
由他人原因造成的缺陷，发包人负责组织维修，承包人不承担费用，且发包人不得从保证金中扣除费用。
第十条
缺陷责任期内，承包人认真履行合同约定的责任，到期后，承包人向发包人申请返还保证金。
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1.向住建局质检部门提出申请；
2.发布公告、无异议的物业管理办公室进行确认；
3.物业管理办公室签署退还意见；
4.质量保证金返还至住建局质检部门。法律依据：《建设工程质量保证金管理办法》第一条
为规范建设工程质量保证金管理，落实工程在缺陷责任期内的维修责任，根据《中华人民共和国建筑法》《建设工程质量管理条例》《国务院办公厅关于清理规范工程建设领域保证金的通知》和《基本建设财务管理规则》等相关规定，制定本办法。
第二条
本办法所称建设工程质量保证金（以下简称保证金）是指发包人与承包人在建设工程承包合同中约定，从应付的工程款中预留，用以保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修的资金。
缺陷是指建设工程质量不符合工程建设强制性标准、设计文件，以及承包合同的约定。缺陷责任期一般为1年，最长不超过2年，由发、承包双方在合同中约定。
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1.提出返还申请书，附工程竣工验收证明、质量保证金退还审批表、财务决算单；
2.质量保修期管理部门签署返还意见，确定返还金额、返还形式；
3.审核通过，通知财务部返还质量保证金。法律依据：《建设工程质量保证金管理办法》第一条
为规范建设工程质量保证金管理，落实工程在缺陷责任期内的维修责任，根据《中华人民共和国建筑法》《建设工程质量管理条例》《国务院办公厅关于清理规范工程建设领域保证金的通知》和《基本建设财务管理规则》等相关规定，制定本办法。
第二条
本办法所称建设工程质量保证金（以下简称保证金）是指发包人与承包人在建设工程承包合同中约定，从应付的工程款中预留，用以保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修的资金。
缺陷是指建设工程质量不符合工程建设强制性标准、设计文件，以及承包合同的约定。缺陷责任期一般为1年，最长不超过2年，由发、承包双方在合同中约定。